Für das Rauchen einer Shisha wird oft zwischen Selbstzünder- und Naturkohle gewählt, wobei jede Art ihre eigenen Vor- und Nachteile hat. Hinsichtlich des Geschmacks ziehen die meisten Shisha-Raucher jedoch Naturkohle vor. Naturkohle, die häufig aus Kokosnussschalen oder anderen natürlichen Materialien hergestellt wird, verbrennt im Allgemeinen sauberer und beeinflusst den Geschmack des Tabaks weniger als Selbstzünderkohle. Diese enthält oft Zusätze wie Schwefel und andere Chemikalien, die das Anzünden erleichtern, jedoch den Geschmack des Tabaks beeinträchtigen können.